SnpEff: Variant analysis

Contents
Summary
Variant rate by chromosome
Variants by type
Number of variants by impact
Number of variants by functional class
Number of variants by effect
Quality histogram
InDel length histogram
Base variant table
Transition vs transversions (ts/tv)
Allele frequency
Allele Count
Codon change table
Amino acid change table
Chromosome variants plots
Details by gene
Summary

Genome Mycobacterium_tuberculosis_h37rv
Date 2022-05-17 12:08
SnpEff version 
SnpEff 5.0e (build 2021-03-09 06:01), by Pablo Cingolani
Command line arguments 
SnpEff  Mycobacterium_tuberculosis_h37rv 7f2cb307-be93-4e31-ba8c-bcbdf3340ec4
Warnings 3,346
Errors 0
Number of lines (input file) 925
Number of variants (before filter) 925
Number of not variants
(i.e. reference equals alternative) 		0
Number of variants processed
(i.e. after filter and non-variants) 		925
Number of known variants
(i.e. non-empty ID) 		0 ( 0% )
Number of multi-allelic VCF entries
(i.e. more than two alleles) 		0
Number of effects 10,158
Genome total length 4,411,532
Genome effective length 4,411,532
Variant rate 1 variant every 4,769 bases

Variants rate details

Chromosome Length Variants Variants rate
Chromosome 4,411,532 925 4,769
Total 4,411,532 925 4,769

Number variants by type

Type Total
SNP 0
MNP 0
INS 259
DEL 666
MIXED 0
INV 0
DUP 0
BND 0
INTERVAL 0
Total 925

Number of effects by impact

Type (alphabetical order)   Count Percent
HIGH   759 7.472%
MODERATE   164 1.614%
MODIFIER   9,235 90.914%

Number of effects by functional class

Type (alphabetical order)   Count Percent

Missense / Silent ratio: 0

Number of effects by type and region

Type Region
Type (alphabetical order)   Count Percent
bidirectional_gene_fusion   4 0.039%
conservative_inframe_deletion   59 0.579%
conservative_inframe_insertion   21 0.206%
disruptive_inframe_deletion   84 0.824%
disruptive_inframe_insertion   10 0.098%
downstream_gene_variant   5,295 51.932%
feature_ablation   3 0.029%
frameshift_variant   716 7.022%
gene_fusion   6 0.059%
intergenic_region   62 0.608%
non_coding_transcript_exon_variant   17 0.167%
splice_region_variant   7 0.069%
start_lost   19 0.186%
stop_gained   5 0.049%
stop_lost   7 0.069%
transcript_ablation   20 0.196%
upstream_gene_variant   3,861 37.868%

Type (alphabetical order)   Count Percent
DOWNSTREAM   5,295 52.126%
EXON   907 8.929%
GENE   13 0.128%
INTERGENIC   62 0.61%
TRANSCRIPT   20 0.197%
UPSTREAM   3,861 38.009%

Quality: 

	

		
 Min255 

		
 Max255 

		
 Mean255 

		
 Median255 

		
 Standard deviation0 

		
 Values255 

		
 Count925
Insertions and deletions length: 

	

		
 Min0 

		
 Max63 

		
 Mean1.35 

		
 Median1 

		
 Standard deviation3.685 

		
 Values0,1,2,3,4,5,7,8,9,11,13,18,20,26,32,34,37,63 

		
 Count173,700,15,6,2,1,1,8,4,3,2,1,1,2,2,2,1,1
Base changes (SNPs)

  A C G T
A 0 0 0 0
C 0 0 0 0
G 0 0 0 0
T 0 0 0 0

Ts/Tv (transitions / transversions)

Note: Only SNPs are used for this statistic.
Note: This Ts/Tv ratio is a 'raw' ratio (ratio of observed events).

Transitions 0
Transversions 0
Ts/Tv ratio 0

All variants: 

No results available (empty input?)

Only known variants (i.e. the ones having a non-empty ID field): 

No results available (empty input?)
Allele frequency


Min50
Max50
Mean50
Median50
Standard deviation0
Values50
Count925

Allele Count


Min1
Max1
Mean1
Median1
Standard deviation0
Values1
Count925

Hom/Het per sample 




Sample_names , test
Reference , 0
Het , 925
Hom , 0
Missing , 0

Codon changes

How to read this table:
- Rows are reference codons and columns are changed codons. E.g. Row 'AAA' column 'TAA' indicates how many 'AAA' codons have been replaced by 'TAA' codons.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - AAA AAC AAG AAT ACA ACC ACG ACT AGA AGC AGG AGT ATA ATC ATG ATT CAA CAC CAG CAT CCA CCC CCG CCT CGA CGC CGG CGT CTA CTC CTG CTT GAA GAC GAG GAT GCA GCC GCG GCT GGA GGC GGG GGT GTA GTC GTG GTT TAC TAG TAT TCA TCC TCG TCT TGA TGC TGG TGT TTA TTC TTG TTT
-     1 3 1   6 6   2 5 3 1 1 4 3 2 2 4 1 1 7 8 6 2 6 8 2 2 2 3 4 1   2 3   2 7 4 3 1 6 9 7 1 1 6 1 1 1 1 2 2 9 2 1 4 3     2 1  
AAA 8                                                                                                                              
AAC 116   1     1                                                                                                                    
AAG 120 2 1 1 1                 1   2                                                                                                
AAT 26       2                                                                                                                      
ACA 33                                                                                                                              
ACC 237   1 1   2 4       2       1                                                                                                  
ACG 82           1                 1                                                                                                
ACT 10           1                                                                                                                  
AGA 8                           1                                                                                                  
AGC 96                 3 5 1                                                                                                        
AGG 29                             1                                                                                                
AGT 27           1 1     1                                                                                                          
ATA 10                                                                                                                              
ATC 223               1         2 1                                                                                                  
ATG 123   1                       4 1 1                                                                     1                        
ATT 47           1                 1                                                                                                
CAA 41                                   1 1                                                                                   2    
CAC 107                                 1 1   1         1 1                                                                          
CAG 118                                 1 1 1 1         1   1                                                                        
CAT 42                                       1                                                                                      
CCA 36                                         1   1                                                                                
CCC 110                                           2   1   1       1                                                                  
CCG 163       1                         1 2     2 2 10 2 1           1                                                                
CCT 10                                         1                                                                                    
CGA 26                                                                                                                              
CGC 148                                                   4 2                                                                        
CGG 143                                                   2         2               1                                                
CGT 47                                                                                                                              
CTA 33                                   1                                                                                          
CTC 86                                                       1   3 1 2                                                              
CTG 263                                             1         6 1 2 1 1                                                              
CTT 32                                                         1 1                                                                  
GAA 90                                                                     2                                                        
GAC 302                                                                 1 3 6   3       1                                            
GAG 176                                                                     5 1 3     1 1 1       1 2                                
GAT 92                                                                   1 1 3 1 1           2 1 1 1                                
GCA 51                                                                         1   1                                                
GCC 319                                   1                                     2 7 6     1       2 1                                
GCG 264                                                                   1     1 4 4 1   1       2 1                                
GCT 47                                                                           1 1                                                
GGA 66                                                                                 1 3                                          
GGC 269                                                   1                     1 1       9 1                                        
GGG 75                                                                                   4 1 1                                      
GGT 129                                                                       2           3   1     1                                
GTA 28                                                                                 1       1 1                                  
GTC 191                                                                       1   1   1         1 5 4 1                              
GTG 223                                                                       1   2 1 3         7 1 7 3                              
GTT 38                                                                                 1                       1                    
TAC 142                                                                                                 1   2 1                      
TAG 2                                                                                                                              
TAT 33                         1                                                                           2                        
TCA 16                                                                                                                 1            
TCC 61                                                                                                 1     3 1 3                  
TCG 113             1                                                                                       1   2 1         1        
TCT 13                                                                                                                              
TGA 5                                                                                                                              
TGC 43                                                                                                       1         2            
TGG 118                                                                                                   2                 1        
TGT 15                                                                                                                   1          
TTA 2                                                                                                                              
TTC 175                                                     1                                             1 1                 3   2  
TTG 100                                                                                                 1                       1    
TTT 31                                                                                                                           1  

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*   7                                          
- 2   210 16 4 2 3 2 23 5 7 3 11 3 2 23 3 23 21 12 9 3 2
?                                              
A   681   29   1     2 1                     6    
C   58     2                           1     1  
D   394   5   7 8   3                       3    
E   266   4   1 7   2                       3    
F 1 206                     6         1         1
G   539   2   2     24                 1     1    
H   149               3             1 2          
I   280                 3     1           2      
K   128                 1 3   2 2                
L   516           1   1     13     1   7         1
M   123                 5     1 1               1
N   142                         3         1      
P   319               2     2   1 22 1 2          
Q   159           2   3             3 2          
R   401   1             1   2 1       8          
S   326     2                         4 16 3     2
T   362                 1 1   1 1       2 8      
V   480   8   2     2                   1   31    
W 2 118     1                                    
Y   175                 1               1       5

Variants by chromosome

		

		Chromosome, Position,0,100000,200000,300000,400000,500000,600000,700000,800000,900000,1000000,1100000,1200000,1300000,1400000,1500000,1600000,1700000,1800000,1900000,2000000,2100000,2200000,2300000,2400000,2500000,2600000,2700000,2800000,2900000,3000000,3100000,3200000,3300000,3400000,3500000,3600000,3700000,3800000,3900000,4000000,4100000,4200000,4300000,4400000
Chromosome,Count,0,0,0,0,0,0,0,91,3,0,0,0,0,4,43,0,0,0,0,22,0,104,355,0,0,0,0,1,3,0,7,0,0,0,0,0,14,0,0,9,5,0,7,168,89
Details by gene

Here you can find a tab-separated table.